Kontrola dzia?alno?ci gospodarczej przedsi?biorców przeprowadzana jest na zasadach okre?lonych przez przepisy o swobodzie dzia?alno?ci gospodarczej, chyba ?e zasady i tryb kontroli wynikaj? z bezpo?rednio stosowanych przepisów powszechnie obowi?zuj?cego prawa wspólnotowego albo z ratyfikowanych umów mi?dzynarodowych. Natomiast w zakresie nieuregulowanym przez prawo stosuje si? przepisy ustaw szczególnych. W przypadku kontroli skarbowej zastosowanie maj? zatem tak?e przepisy o kontroli skarbowej. Zgodnie z przepisami o swobodzie dzia?alno?ci gospodarczej, co do zasady, na organach kontroli skarbowej ci??y obowi?zek zawiadomienia przedsi?biorcy o zamiarze wszcz?cia kontroli. Od zasady tej przewidziano wszak?e pewne wyj?tki, m.in. o kontroli skarbowej nie zawiadamia si?, gdy jej przeprowadzenie jest niezb?dne dla przeciwdzia?ania pope?nieniu przest?pstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego pope?nienia. Kontrol? wszczyna si? nie wcze?niej ni? po up?ywie 7 dni i nie pó?niej ni? przed up?ywem 30 dni od dnia dor?czenia zawiadomienia o zamiarze wszcz?cia kontroli.
Co do zasady, nie mo?na tak?e równocze?nie podejmowa? i prowadzi? wi?cej ni? jednej kontroli dzia?alno?ci przedsi?biorcy (te? z pewnymi wyj?tkami). Przepisy o swobodzie dzia?alno?ci gospodarczej okre?laj? tak?e dopuszczalny czas trwania kontroli skarbowej przedsi?biorcy (równie? z pewnymi odst?pstwami). Kontrola skarbowa jest prowadzona zgodnie z planem kontroli, które s? ustalane przez dyrektorów urz?dów kontroli skarbowej. Kontrola skarbowa mo?e by? równie? prowadzona poza planem kontroli, w oparciu o uzyskane informacje lub materia?y albo przeprowadzone analizy. Wszcz?cie post?powania kontrolnego nast?puje wy??cznie z urz?du w formie postanowienia. Inspektor mo?e za??da? od kontrahentów podatnika, wykonuj?cych dzia?alno?? gospodarcz?, przedstawienia dokumentów, w zakresie obj?tym kontrol? u podatnika, w celu sprawdzenia ich prawid?owo?ci i rzetelno?ci. Z czynno?ci tych sporz?dza si? protokó?. Na ??danie organu kontroli skarbowej, podmiot uprawniony do odebrania o?wiadczenia o stanie maj?tkowym, ma obowi?zek przekaza? temu organowi po?wiadczon? za zgodno?? z orygina?em kopi? tego o?wiadczenia w terminie 14 dni od dnia otrzymania ??dania.
Organ kontroli skarbowej ko?czy post?powanie kontrolne decyzj?, wynikiem kontroli lub postanowieniem. Post?powanie kontrolne ko?czy si? decyzj? w rozumieniu przepisów Ordynacji podatkowej, gdy ustalenia dotycz?: podatków (których okre?lanie lub ustalanie nale?y do w?a?ciwo?ci naczelników urz?dów skarbowych oraz podatku akcyzowego), op?at i niepodatkowych nale?no?ci bud?etu pa?stwa (których okre?lanie lub ustalanie nale?y do w?a?ciwo?ci naczelników urz?dów skarbowych). Natomiast, post?powanie kontrolne ko?czy si? okre?lonym wynikiem kontroli, gdy ustalenia dotycz? nieprawid?owo?ci m.in. w zakresie celowo?ci i zgodno?ci z prawem gospodarowania ?rodkami publicznymi oraz ?rodkami pochodz?cymi z Unii Europejskiej i mi?dzynarodowych instytucji finansowych, podlegaj?cymi zwrotowi, a tak?e innych. Post?powanie ko?czy si? postanowieniem, gdy w trakcie tocz?cego si? post?powania kontrolnego zobowi?zanie podatkowe uleg?o przedawnieniu.
Decyzje zostaj? dor?czone kontrolowanemu oraz w?a?ciwemu organowi podatkowemu reprezentuj?cemu Skarb Pa?stwa, który staje si? wierzycielem obowi?zków wynikaj?cych z tej decyzji. Organ podatkowy uprawniony jest do nadania decyzji rygoru natychmiastowej wykonalno?ci. Od decyzji takiej s?u?y odwo?anie do w?a?ciwego dyrektora izby skarbowej albo do w?a?ciwego dyrektora izby celnej. Wynik kontroli powinien zawiera? m.in. oznaczenie organu kontroli skarbowej, oznaczenie kontrolowanego, dat? wydania, zakres kontroli, powo?anie podstawy prawnej, ko?cowe ustalenia i wnioski oraz termin usuni?cia nieprawid?owo?ci wskazanych przez organ kontroli skarbowej, a tak?e podpis organu kontroli skarbowej. Wynik kontroli dor?cza si? kontrolowanemu oraz w?a?ciwemu organowi lub dysponentowi cz??ci bud?etu, któremu dor?cza si? ponadto dokumentacj? z czynno?ci kontrolnych.